Podstawowymi celami CD jest prowadzenie badań innowacyjnych w zakresie nowych metod badawczych i monitoringu środowiskowego oraz opracowywanie i doskonalenie nowoczesnych technologii ochrony środowiska. Prowadzone prace zakończone są komercjalizacją wyników badań i wdrażaniem ich rezultatów do podmiotów gospodarczych. Badaniom naukowym towarzyszy promocja i upowszechnianie wiedzy o nowych technologiach z wykorzystaniem nowoczesnych technik informacyjnych, a także edukacja kadr podmiotów gospodarczych w zakresie zaawansowanych technologii i innowacji. Centrum realizuje zadania wynikające z priorytetów UE i planów tworzenia Europejskiej Przestrzeni Badawczej (European Research Area - ERA).

Centrum realizuje szeroki program szkoleniowy na różnych poziomach, wspierany udziałem wykładowców z zagranicznych ośrodków badawczych, współpracujących z Centrum, a także poprzez staże i wizyty naukowe pracowników Centrum w wiodących ośrodkach badawczych na całym świecie.

Jednym z głównych celów Centrum jest pozyskiwanie na swą działalność środków z Funduszy Strukturalnych oraz z ich odpowiedników w Programach Ramowych UE. Poprzez współpracę z innymi Centrami Doskonałości o zbliżonym obszarze działania Centrum będzie dążyć do integracji prowadzonych badań, wzmocnienia potencjału badawczego i łatwiejszej komercjalizacji opracowanych technologii.