Centrum Doskonałości Eko-Nukleon opracowuje nowe metody badawcze, z pomocą których prowadzi badania środowiska naturalnego. Metody te opierają się na technikach jądrowych, są to metody wyspecjalizowane, bezinwazyjne, dające szereg informacji niedostępnych przy użyciu innych technik badawczych. Dzięki zastosowaniu metod radioznacznikowych i trwałych izotopów środowiskowych Centrum zapewnia bezpieczne działanie instalacji przemysłu naftowego, rurociągów przepływowych gazu i ropy, a także kontrolę wpływu na środowisko takich obiektów jak kopalnie odkrywkowe węgla brunatnego czy składowiska odpadów.

Centrum projektuje i buduje aparaturę pomiarową wykorzystującą źródła izotopowe, bądź źródła promieniowania X, zapewniającą wysoką czułość pomiaru, stosowaną do pomiarów środowiskowych zapylenia i stężenia radonu w powietrzu i wodzie. Aparatura ta, ciągle ulepszana i wyposażana w coraz nowsze, niezawodne systemy kontroli oraz transmisji danych znajduje uznanie odbiorców krajowych i zagranicznych. Centrum jest zarejestrowane jako stały dostawca sprzętu pomiarowego dla Międzynarodowej Agencji Energii Atomowej (MAEA).

W zespołach wchodzących w skład Centrum opracowano nowe technologie, które zyskały swoją realizację przemysłową (technologia oczyszczania z SO₂ i NO_x gazów spalinowych pochodzących z elektrowni opalanych paliwami kopalnymi metodą wiązki elektronów, technologia oczyszczania radioaktywnych odpadów ciekłych przy pomocy odwróconej osmozy). Obok technologii, Centrum rozwija metody pomiarowe i analityczne pomocne w badaniach podstawowych i późniejszej kontroli pracy budowanych instalacji oczyszczających.